L'académie Alice, une académie bien spéciale, quelque part à Tokyo. Une académie où les élèves sont tous des Alices : des élèves pouvant maîtriser des pouvoirs spéciaux. Ces élèves sont considérés comme une élite, pourtant, beaucoup d'entre eux ne sont pas heureux, et souhaitent plus que tout quitter l'école. Pourquoi? Des tensions se créent à l'intérieur de l'école. Les élèves ne peuvent en aucun cas la quitter ; s'enfuir est devenu un objectif commun à beaucoup. En dehors de tout cela, plusieurs organisations secrètes souhaitent la fin de l'école, ou souhaitent tout simplement y semer la pagaille pour se venger d'une enfance perdue, ils n'hésitent parfois pas à s'attaquer aux élèves même pour montrer cela. Que de mystères. Une nouvelle aventure. Faîtes-vous partie de cette élite? Serez-vous un élève sans rancunes, vivant une scolarité normale, entre les festivités, les bals et les cours, ou serez-vous un élève rebelle voulant à tout prix s'échapper de cette pseudo-prison?